Το πρόγραμμα Μάστερ σε Ενεργειακά Συστήματα αποσκοπεί στην υψηλού επιπέδου επιμόρφωση σε θέματα μηχανικής ενέργειας και ενεργειακών υλικών. Το πρόγραμμα είναι σχεδιασμένο ώστε να ανταποκρίνεται τόσο στις υφιστάμενες όσο και στις μελλοντικές ανάγκες της βιομηχανίας ενέργειας και της έρευνας σε ενεργειακά θέματα. Αυτό επιτυγχάνεται με τη σε βάθος μελέτη και εμβάθυνση σε προηγμένα θέματα ενέργειας/θερμοδυναμικής, ηλιομηχανικής, ρευστομηχανικής, υδρογονάνθρακες, χαρακτηρισμού υλικών και φυσικής στερεάς κατάστασης, καθώς και σε επιλεγμένα θέματα μοριακών ηλεκτρονικών, νανοτεχνολογίας, αυτόματου ελέγχου και άλλων. Παράλληλα, οι φοιτητές θα εξειδικευτούν σε τομείς σύγχρονης τεχνολογικής αιχμής με την εκπόνηση διατριβής Μάστερ, υπό την επίβλεψη ακαδημαϊκού προσωπικού του Τμήματος. Οι απόφοιτοι θα είναι σε θέση να ανταποκριθούν στις σύγχρονες τεχνολογικές προκλήσεις σε θέματα ενέργειας, καθώς επίσης και να συνεχίσουν τις σπουδές τους σε διδακτορικό επίπεδο.
Το Μάστερ απευθύνεται σε απόφοιτους αναγνωρισμένου ιδρύματος ανώτατης εκπαίδευσης που προέρχονται από τους Κλάδους Μηχανικής και Φυσικών Επιστημών. Προτεραιότητα θα δοθεί σε απόφοιτους Μηχανολόγους Μηχανικούς και Μηχανικούς Υλικών.